En junio de 1959, Fanon sufrió heridas graves cuando un jeep en el que viajaba fue volado por una mina cerca de la frontera entre Túnez y Argelia. Fue enviado a Roma para recibir tratamiento médico, donde escapó por poco de ser asesinado, muy probablemente a manos de una violenta organización de colonos vinculada al estado francés.
En marzo de 1960, Fanon fue enviado a Accra como embajador itinerante del gobierno provisional del movimiento de liberación nacional de Argelia, el Front de libération nationale (Frente de Liberación Nacional). Sus encuentros con Estados recientemente independizados a menudo fueron desalentadores. En noviembre de 1960, formó parte de un equipo encargado de una misión de reconocimiento destinada a abrir un frente meridional en la frontera con Mali, con líneas de suministro que irían desde Bamako a través del Sahara. En el último minuto, sospechando que era una trampa, abandonaron su plan de viajar en avión y condujeron los dos mil kilómetros de Monrovia a Bamako. El avión en el que tenían previsto viajar fue desviado a Abijan, donde fue registrado por el ejército francés.
En su cuaderno de bitácora, Fanon registró su preocupación por los límites de las políticas que no logran ir más allá del maniqueísmo introducido por el colonialismo para desarrollar ideas y prácticas emancipadoras: «El colonialismo y sus derivados no constituyen, de hecho, los actuales enemigos de África. En poco tiempo este continente será liberado. Por mi parte, mientras más profundamente entro en las culturas y los círculos políticos, más seguro estoy de que el gran peligro que amenaza a África es la ausencia de ideología».
Conmovido por los vastos paisajes del desierto, y retornando a la poesía de sus primeras obras, Fanon escribió: «A veces vemos una puesta de sol que torna el manto del cielo de un violeta brillante. En estos días encontramos un rojo muy fuerte». Aunque el viaje a través del desierto le había dejado visiblemente exhausto, fue inmediatamente a Accra a escribir una contribución para una publicación en inglés del gobierno provisional de Argelia. Un examen realizado por un médico en Accra planteó la posibilidad de una leucemia. Regresó a Túnez, se hizo un examen de sangre y se diagnosticó a sí mismo de leucemia. Esa noche anunció su decisión de escribir un nuevo libro. Después de recibir tratamiento en una clínica a las afueras de Moscú, tuvo un breve tiempo para escribir mientras el cáncer entró en remisión.